des chercheurs découvrent et utilisent un fossile du pokémon fabuleux mew, donnant le jour à une créature contraire aux lois de la nature : mewtwo, un pokémon légendaire créé pour devenir un instrument de destruction. lorsque mewtwo prend conscience de sa sinistre origine, il développe une haine à l'encontre de ses créateurs humains et cherche vengeance. sacha, pikachu et leurs amis sont pris dans cette tourmente.
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