Après une attaque-suicide des forces d'auto-défense contre les aliens dont segami a été témoin, la mère de ce dernier lui fait part d'une triste nouvelle qui renforce sa détermination à combattre. il rejoint alors rebellion accompagné des small 3 et décide de prendre part à la mission shibuya menée par des troupes lourdement armées. pendant ce temps, futaba se réveille à bord du vaisseau ennemi et se retrouve encerclée par des soldats qui l'attaquent sans prévenir, l'obligeant à se battre contre la menace extraterrestre !